تأسست كلية الإدارة والاقتصاد في جامعة الفلوجة عام 1998، وكانت في البداية تابعة لجامعة الأنبار، ثم أصبحت لاحقًا النواة التي انبثقت منها جامعة الفلوجة. عند تأسيسها، ضمت الكلية قسمين أكاديميين فقط: قسم الإدارة العامة، وقسم الاقتصاد. يمنح القسم الأول شهادة البكالوريوس في الإدارة العامة، بينما يمنح القسم الثاني شهادة البكالوريوس في الاقتصاد.
وفي العام الدراسي 2013-2014، تم تأسيس جامعة الفلوجة، فأصبحت الكلية إحدى الكليات التابعة لها. وحرصًا على تلبية متطلبات سوق العمل، وضمن الإمكانيات المحدودة، تم تأسيس قسم العلوم المالية والمصرفية، ثم تبعه تأسيس قسم إدارة الأعمال. وبذلك أصبحت الكلية تضم أربعة أقسام أكاديمية حسب تسلسل تأسيسها كما يلي:
- قسم الإدارة العامة
- قسم الاقتصاد
- قسم العلوم المالية والمصرفية
- قسم إدارة الأعمال
أما فيما يخص الدراسة المسائية، فهي تشمل أيضًا أربعة أقسام: الاقتصاد، الإدارة العامة، العلوم المالية والمصرفية، وإدارة الأعمال. وقد شهدت أعداد الطلبة تزايدًا مستمرًا على مرّ السنوات، وتخرجت من الكلية العديد من الدفعات التي حصلت على شهادات البكالوريوس في تخصصات مختلفة.
وفي مجال الدراسات العليا، تم استحداث برنامج ماجستير في الاقتصاد عام 2002، ثم برنامج دكتوراه في الاقتصاد عام 2018. وفي عام 2022، تم إطلاق دبلوم في التخطيط الأمني الاستراتيجي، وفي عام 2023 تم استحداث برنامج ماجستير في الإدارة العامة.
ونظرًا لتزايد أعداد الطلبة وتوسع الأقسام الأكاديمية لتلبية حاجات سوق العمل، تخطط الكلية للإسراع في إنشاء مبانٍ جديدة داخل الحرم الجامعي. وستشمل هذه المنشآت قاعات دراسية إضافية، ومكتبة حديثة، وكافتيريا، بهدف توفير بيئة تعليمية ملائمة لطلبة الكلية.